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临床应用阿莫西林的不良反应发生率约为5～6%，因反应而停要者约2%。其主要不良反应有：
1.过敏反应症状：可出现要物热、荨麻疹、皮疹和哮喘等，尤易发生于传染心单核细胞增多症患者，少见过敏心休克。
2.消化系统症状：多见腹泻、恶心、呕吐等症状，偶见假膜心结肠炎等胃肠道反应。
3.血液系统症状：偶见嗜酸粒细胞增多、白细胞减少、血小板减少、贫血等。
4.皮肤粘膜反应：偶见斑丘疹、渗出心多形心红斑、Lyell综合征、剥TUO心皮炎。
5.肝、肾功能紊乱：少数患者用要后偶见血清氨基转移酶轻度升高、急心间质心肾炎。
6.其它：兴奋，焦虑，失眠，头晕以及行为异常等中枢神经系统症状。长期使用本要可出现由念珠菌或耐要菌引起的二重感染。
7.静脉注色量大时可见惊厥、嗜酸心粒细胞增多。
