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褪黑素因为没有做大规模的临床数据研究，所以副作用尚不能明确肯定。但是有研究证实的褪黑素的副作用包括以下方面。
1、促进大脑血管收缩，增加中风的风险。
2、褪黑素可以释放过多的泌Ru素，导致不孕，而且可以导致心腺器官的发育异常，导致成年的男心心衣减退，成年女心出现不孕不育等症状。
3、褪黑素有的研究不仅不能治疗失眠，反而对人体有害，具体表现为会导致睡眠节律的紊乱。
4、褪黑素有可能导致患者出现抑郁的症状。
