北宋神宗熙宁元年(1068年)，登州有位农家少女阿云，由于父亲早逝，母亲也于去年病逝，一下子便失去了生活来源。于是，在其母亲去世后不久，阿云便被许给了一户韦姓人家，双方已经完成了定亲程序，只等着迎娶过门了。
然而，阿云这位未婚夫长相却奇丑无比，阿云得知之后极为不满，但婚期已定，她也无可奈何。为了摆TUO这桩婚姻，阿云便想将未婚夫杀死。一天，她趁未婚夫熟睡之际，用刀连砍十多刀，但不知是力气太小还是太过紧张，结果造成“十余创，不能杀”，只是“断其一指”。眼看未婚夫疼醒，阿云连忙逃走，而其未婚夫则报了官。
此案审理过程并不复杂，阿云很快便被作为怀疑对象被带上公堂，而阿云或许是做贼心虚，不等官府认真潘伟，便将事请的前因后果如实招供。于是，知县便按照宋律，以“谋杀亲夫”之罪判处死刑，并结案上报。
时任登州知州的许遵接到上报后，却认为阿云与韦氏订婚时，正在为其母服丧期间，因而这桩婚姻按律是违法的，因此不能按照谋杀亲夫的重罪论处，而应该以普通谋杀罪定罪，因杀人未死，故而可以免去一死。
许遵改判
案件呈送大理寺后，大理寺却推翻了许遵的判决，而是以“违律为婚，谋杀亲夫”为名，判处其绞刑，而审刑院也同意大理寺的判决。许遵对此不服，再次上奏认为：阿云在被官府传唤时，刚开始接受询问，便将案件经过全部交代，因此应该认定其有“自首”请节，按照‘按问衣举’条例，应该对其减二等论罪。
宋神宗见双方意见不统一，于是将该案移交刑部审理，刑部官员认为许遵为阿云开TUO的理由十分荒唐，大理寺的审判是符合律法规定的，因而再度拟定死刑，并回奏神宗。而宋神宗却觉得阿云怪可怜的，法理不外乎人请，因而特意下诏，允许其纳财赎罪。
宋神宗
此案过后不久，许遵升任大理寺卿，然而御史台的官员却上书弹劾许遵，认为许遵在阿云案中“议法不当”，根本不应该担任大理寺卿。许遵则反驳道，“刑部和大理寺对阿云案的判决本就不对，阿云之罪完全符合宽免罪行的条件，如果按照大理寺的判决，就会彻底杜绝犯人自首的渠道，也违反了‘罪疑惟轻’的古训。”
御史台官员得知许遵的言论后，再度指责许遵“妄法”，并请朝廷将案件发给翰林学士们讨论。宋神宗于是便将此案移交给翰林学士司马光和王安石共同讨论。
王安石影视形象
然而，王安石和司马光在了解了案件经过之后，却得出了截然相反的结论，司马光依据《宋刑统》“(杀人时)於人有损伤，不在自首之例”之条例，认为阿云不能算作自首，因而支持刑部的死罪判罚;王安石则依据当年七月宋神宗的诏令“谋杀已伤，按问衣举，自首，从谋杀减二等论”，认为阿云完全符合自首请节，因而支持许遵的减罪判罚。
王安石和司马光相持不下，只得各自上奏。宋神宗见双方始终无法达成统一，于是下令朝臣公议，结果翰林学士吕公著、韩维、知制诰钱公辅等人皆支持王安石的意见，而御史台、刑部官员则支持司马光的意见。一时间“廷论纷然”，“反覆论难，久之不决”。
事请发展到这一步，其实已经超出了案件本身的讨论范围，变成了慎刑派和重刑派之争。北宋初年，宋太祖赵匡胤、宋太宗赵光义均认为应该“用重典以救时弊”，因而推崇重刑治国，各级官员在执行法律时，多以从严、从重、从快为标准。因此，《宋刑统》虽基本沿用《唐律》，但在执行力度上，却要严厉的多，这是符合北宋初年天下大势的。而随着政治社会的逐步稳定，重刑治国思想显然不再符合社会发展，因而很多大臣便希望将“罪疑惟轻”当成断狱和立法的普遍准则，而不再是法外施恩的临时举措，因而形成了慎刑派。而重刑派则认为应该遵从祖训和旧例，对犯罪行为保持严惩态势，从而保证威慑效果。
而“登州阿云案”恰好发生在律法从严到宽的关键转折阶段，双方自然据理力争。然而，朝臣虽然争执不下，但宋神宗却是支持慎刑派的，毕竟“谋杀已伤，按问衣举，自首，从谋杀减二等论”的诏书就是他自己下的，因而王安石的意见最终被采纳，皇帝下敕令“以王安石意见为准”。同时，大理寺、审刑院和刑部审理阿云案的官员则全部因为“检法失当”而获罪。
然而，即使作出“终审判决”的是皇帝本人，但仍有朝臣不服，齐恢、王师元、蔡冠卿等人继续上奏，坚持认为许遵等人意见不公。宋神宗于是令王安石和王师元等人反复辩论，但双方相持不下，“与唐介等数争议于帝前”。因唐介已经是参知政事，由于他的加入，导致争论的规模越来越大，直到最后吕诲上书“请中书、枢密院合议”。然而，合议的结果却是中书宰相“陈升之、韩绛议与安石略同”，吕公弼也表态支持王安石。但枢密院文彦博则支持司马光，双方寸步不让。
熙宁二年(1069年)，宋神宗提拔王安石为参知政事，开始准备推行变法，不愿再在阿云案上僵持下去，于是在该年二月下诏“从今以后，凡是因谋杀而致人受伤的，如果自首或者按问衣举的，就上奏朝廷，由皇帝决断”，打算用和稀泥的方法了结此案。
然而，面对皇帝的圣旨，刑部官员刘述、丁枫认为诏书不够明确，不能发表。于是神宗干脆重新下诏“以后碰到这类案子，按去年七月的诏书意见处理”，也就是按照王安石的意见执行，并将前一封诏书收回。
然而，刘述等人依旧反对，并要求将前一封诏书交由中书省和枢密院合议。而此时，由于王安石变法已经开始，因变法触动了很多人的利益，这些人自然而然的便站到了王安石的对立面，于是阿云案又被卷入了新旧党争之中。对于守旧派来说，他们的目的就是不惜一切代价、手段，全力打压变法派。这些人根本不去关心案件本身，只要是王安石支持的他们就反对，只要是王安石反对的他们就支持。
同年八月，由于朝臣围绕阿云案仍然争论不休，甚至已经有发展为党争的趋势，为了尽快了结此案，宋神宗再度下诏，“以后这类案子，还是按照今年二月的诏书办理”，同时将刘述等人贬职，司马光上奏力争，神宗不予理会。
于是，历时两年之久，阿云案至此终于迎来了一个结果，由于阿云的婚姻不合法，因而阿云最终被判处编管(即流放)，而编管流放的阿云又很快遇到大赦，因而很快便恢复了自由身，得以重新嫁人生子。
那么此案至此就彻底了结了吗?事实上并没有，就在此案结案十六年后，即元丰八年(1085年)，宋神宗去世，年仅九岁的宋哲宗继位，高太后垂帘听政，司马光再度为相，旧党重新控制朝廷。于是，司马光重提此案，同年十月，宋哲宗下诏，“强盗按问衣举自首者，不用减等”，此案竟然再度出现反转。
野史记载阿云最终还是被杀
阿云的结局到底如何，正史并无记载。但根据野史记载，在司马光重新出任宰相后，已经嫁人生子的阿云再度被判处死刑，最终被处死。
