和卓(Khwaja)是伊斯兰教对有威望人物的尊称，不过传至中亚和新疆时，一般专指“圣裔”，也就是伊斯兰教创始者穆罕默德的子孙!在新疆，“和卓”一词则成为“喀什噶尔和卓家族”的别称或特称，以表明他们即是圣裔。
喀什噶尔和卓家族的地位十分显赫，其先祖是中亚著名伊斯兰教圣裔麦赫杜姆·阿扎姆，相传为伊斯兰教创始人穆罕默德之女法帝玛的19代后裔，继为中亚苏菲派纳格什班迪耶教团第五代谢赫。1533年，麦赫杜姆·阿扎姆曾来到新疆喀什噶尔传播该派教义，赢得了南疆广大穆斯林的崇敬和尊重。
此后，麦赫杜姆·阿扎姆三支后裔迁移到了中国南疆地区，人们就称呼这个家族为喀什噶尔和卓家族。在清朝，叛乱的大小和卓就来自于这个家族。
葛尔丹
清朝初年，准格尔逐步强大起来，后来葛尔丹建立了强大的准格尔汗国。当准格尔对回民进行统治的时候，对其首领实行人质制。这样，喀什噶尔和卓家族中大和卓(名波罗尼都)、小和卓(名霍集占)被禁锢在伊犁。
波罗尼都是伊斯兰教白山派和卓玛罕木特的长子，霍集占是和卓玛罕木特的幼子，都属于喀什噶尔和卓家族。不过，两个人命好，当时准格尔与清朝战争不断。
1755年，清朝政府出兵平定了新疆准噶尔分裂势力，最后拿下了准格尔的老巢伊犁。波罗尼都率领他的弟弟霍集占等30多人投奔清朝军队。清朝皇帝乾隆比较开明，决定让大小和卓管理新疆，大和卓返叶儿羌(今莎车)统领回部，小和卓留伊犁掌管伊斯兰教务。
不过，大小和卓很有野心，不甘心被清朝统治。
最先闹事的是小和卓。
1756年，小和卓霍集占参与了卫拉特蒙古辉特部首领阿睦尔撒纳音谋发动叛乱，兵败逃叶儿羌。这个时候，清廷派出副都统阿敏道前去招抚。小和卓心狠手辣，杀死了阿敏道，自立为巴图尔汗。小和卓自立为汗后，大和卓波罗尼都立即响应，号召各城起兵反清，一起集众数十万叛乱，举兵反对清朝政府，叛军控制了天山南路的大部分地方。
乾隆急眼了。在1758年，乾隆命雅尔哈善为靖逆将军，率满、汉兵万余自吐鲁番进发，进入南疆(天山南路)平叛。结果大家都知道了，大小和卓兵败逃亡。1759年夏天，大小和卓带着妻孥旧仆三四百人逃奔今阿富汗东部的巴达克。
清军派人与巴达克当地部族交涉。后来，大、小和卓被巴达克山部首领素勒坦沙执杀，把尸首送交清朝。于是，大小和卓的叛乱被平定。
