第二年三月份的时候，忽必烈在内蒙古闪电河北岸召开紧急会议，当时参加的都是重要大臣，一致决定拥立忽必烈位大汗，并让他赶紧继位。四月份，阿里不哥在和林称为大汗，并下令到关中一带讨伐忽必烈，忽必烈得知后，命令部下在延安等地严关把守。五月份，忽必烈以阿里不哥叛乱为由，立即调兵7000人严正以待，准备迎接阿里不哥的侵略。因为忽必烈早有准备，所以阿里不哥来袭之时，忽必烈的部下全力以抗，将阿里不哥的部队击败，阿里不哥见此便匆忙返回。随后。阿里不哥又派遣部队进攻忽必烈所在地，但是忽必烈派得力助手前去迎敌，再一次将阿里不哥的军队打败。十月份的时候，阿里不哥假装降服于忽必烈，忽必烈让阿里不哥镇守在和林，自己又去了开平。
忽必烈与阿里不哥之战
第二年秋季，阿里不哥再次进攻忽必烈部下镇守的地方，准备挺进南方，忽必烈知道后，决定亲自讨伐阿里不哥。忽必烈希望阿里不哥能有悔改之心，以击溃战的形式对付阿里不哥。后来，阿里不哥的党派阿鲁忽离开，自己也没有多大的兵力，便降服于忽必烈。
阿里不哥家族
阿里不哥为蒙古贵族和蒙古将领，是元睿宗拖雷的第七个儿子，是元世祖忽必烈的弟弟。阿里不哥共有十一位兄弟，即大哥元宪宗蒙哥、二哥忽都虎、三哥姓名不详、四哥是忽必烈、五哥姓名不详、六哥旭烈兀、八弟拨绰、九弟末哥、十弟岁哥、十一弟子雪别台，母亲是显懿庄圣皇后唆鲁禾帖尼。
阿里不哥原来一直驻守在哈拉和林一带，并且特别反对忽必烈的汉化措施。蒙哥去世后，阿里不哥乘长兄忽必烈和次兄旭烈兀不在之时，想要乘机夺取汗位。阿里不哥立马下令让左丞相阿兰答儿去漠北一带征兵用以扩充势力，让TUO里赤在河朔一带征集兵力，这件事请传达了忽必烈的耳朵里，他知道阿里不哥想要借此机会谋夺汗位，他知道事请非常紧急，于是率兵往回赶。第二年三月份的时候，忽必烈在内蒙古闪电河北岸召开紧急会议，当时参加的都是重要大臣，一致决定拥立忽必烈位大汗，忽必烈继承汗位，这一年是1260年。四月份的时候，阿里不哥在和林称汗，并率兵从关中出发，讨伐忽必烈。
后来，阿里不哥失败后，臣服于忽必烈。据相关记载，忽必烈将阿里不哥囚禁在狱中，过了两年之后阿里不哥去世了。
还有一个说法就是虽然忽必烈没有将阿里不哥杀死，但是将阿里不哥的将领全部给杀掉了，阿里不哥非常慌乱，他带上了儿子明理帖木儿、要木忽儿、乃剌忽不花、剌甘失甘等家人来到了洪湖，在此隐姓埋名的生活，后人改姓为陆。
