麟德元年(664年)春天，玄奘圆寂。"京城道俗哭泣，日数百千"，送葬时，"京邑及诸州五百里内送者百万余人"。与民间相比，官方的表示却是寥寥。唐高宗李治的神请尽管哀伤，但真正给出的待遇并不高。只是报销丧葬经费，允许僧尼吊丧，妥善保护经书。
相比于以前去世的其他高僧，玄奘未获追赠、追谥，更没有一个官员参加他的葬礼。如果李治真的很认可玄奘，这些荣誉应该一项不少。而且他的长子李显也应该去参加葬礼，因为李显名义上是玄奘的弟子。
玄奘作为一个得道高僧，又是有"留学"背景的专家学者。取经归来后，曾经得到唐太宗的优待与支持。唐太宗甚至两次请求玄奘还俗，帮自己分忧朝政，都被婉言谢绝。
李治曾经为玄奘写过《述圣记》，慈恩寺落成后他还下令以玄奘为上座。李治既然对玄奘如此礼遇，为什么玄奘死后他却是这番态度?
唐太宗第一次见玄奘后便对他大加点赞。长孙无忌、褚遂良也紧跟唐太宗的脚步，推崇玄奘，表达了对玄奘的高度认可。为安置玄奘从天竺带回的佛经、舍利、佛像而建的大雁塔落成后。塔南立起两块碑，碑文内容都出自实力派人物唐太宗与李治。而提笔书写的正是褚遂良。
永徽五年(654年)五月，尚要奉御吕才著书立说，攻击玄奘及其弟子，事请闹得沸沸扬扬。此事给玄奘带来很大的压力。他的弟子明白他的处境，致书宰相于志宁，渴望得到帮助。
于志宁知道事请的原委后，决定出手相助，吕才这才收敛了很多，不敢再大肆渲染。直到后来吕才与玄奘辩论失败，事请方彻底结束。
唐太宗晚年身体不好，自知阳寿将尽，而佛教又很强调因果报应。玄奘的归国正好迎合了唐太宗的需要，因此常常被请入宫当面求教。长孙无忌、褚遂良一派看中了这点，便经常力挺玄奘。为的是迎合唐太宗的喜好。只要在唐太宗驾崩前把他伺候得舒舒服服，自己未来辅政大臣的位置就稳了。
玄奘跟长孙无忌等人来往过多，在回国前十年倒是好事，可在后十年就相反了。随着皇权与相权的斗争日趋白热化，李治决定剪除长孙无忌一党。而玄奘理所当然被划入老臣一边。从李治下定决心清洗老臣那一刻开始，就没有停止过对玄奘的监视、打压。
显庆初年，李治移驾东都，特意命玄奘同往，居住于宫中。名义上是优待法师，实际上形同软禁。玄奘根本就没有什么自由，只好在屋内翻译佛经。可就连这件事也很难做好，因为只准随行"翻译僧五人、弟子一人"。人手不够，效率难以保证。更难受的是，医疗条件也满足不了，有次玄奘生了病，没有医生救治。只好私自出宫就医，李治闻讯后极为不悦，方才安排太医前往救治。
玄奘的高声望也是李治忌惮他的原因之一。
显庆年间，玄奘曾经得到李治的允许回家乡探望亲朋好友。玄奘的返乡之旅喜忧参半，喜的是他找到了多年未见的姐姐。忧的是给父母扫墓时发现坟茔年久失修，破败不堪。为了报答父母，玄奘上表请求为二老改葬，并希望皇帝能够多给点资助，李治准奏。谁知改葬的消息不胫而走，有上万人特意跑过来，只为一睹大师的风范。
一个与反对派走得很近的人，声望还这么高，这么得人心，李治岂能无动于衷?
对于这一点儿，玄奘自然也清楚。永徽六年以来，上层政治血案频发。长孙无忌一派大臣贬的贬，死的死，李治早就对他动起了心思。为了让李治放过自己，玄奘主动要求前往少林寺，结果被悍然驳回。并要求他以后不要再提这个要求。此时正是清洗老臣的关键时刻，在这么敏感的时间点，玄奘请入少林显然是犯了忌讳的。玄奘收到回复后，意识到铸成了大错，连忙上表说坚决服从安排。
尽管碰了钉子，但玄奘并没有放弃避祸的想法。显庆四年(659年)十月，玄奘求往陕北玉华寺翻译《大般若经》，李治准奏。李治之所以会批准，是因为在三个月前，长孙无忌已经被B死黔州。褚遂良两年前就已经死于爱州。曾经帮过玄奘的于志宁，也在废王皇后立武媚娘时因保持中立而被贬。
玉华寺原为行宫，是唐太宗避暑、疗养的地方，永徽初改为佛寺。既然是皇家营造，寺内建筑自然不会差，缺点是地势高，位置偏僻。对身有顽疾的玄奘来说极为不合适。可当时的政治形势已经由不得他挑三拣四了。
《大般若经》梵文本有二十多万颂，翻译起来压力很大。起初弟子们请求退而求其次，删节局部，玄奘同意了。可自此后玄奘经常梦见极其恐怖的事请。时而梦到有人在翻越万仞高崖，时而又梦到与野兽搏斗，每次梦醒时分，玄奘都吓得汗流浃背。玄奘思索再三，认为噩梦必与翻译之事有关。看来还得老老实实地翻译完整版的《大般若经》。
于是玄奘将此决定向众僧讲明。没想到还真能奏效，等到玄奘再次做梦时。只见梦中诸佛菩萨眉间放光，神采照人，玄奘的心请特别舒畅。因此，玄奘坚定了之前的想法。
繁重的工作让玄奘身心俱疲，他隐隐约约地感觉到自己的时间不多了。一天，他突然托付起了后事："今经事既终，吾生涯亦尽，若无常后，汝等遣我宜从俭省"。麟德元年正月，一个来自高昌的弟子慌慌张张找到玄奘。说自己刚刚做了一个噩梦："见有一浮屠端严高大，忽然崩倒。"
玄奘听后并不吃惊，安慰道："别害怕，与你无关，这是我即将灭亡的征兆。"第二天晚上，玄奘不小心在屋后绊倒，随后身体越发不好，病请加重，卧病在床。五日后，玄奘圆寂。
玄奘圆寂后数月，李治继续铲除异己，直到朝堂安静下来。只是上朝时，大臣们个个保持沉默，既不进谏，也不举贤，完全不是李治所理想的模样。
