第二次车臣战争，于1999年8月26日起，俄罗斯联邦在这次战争中重新夺回对车臣的控制权。
在莫斯科、布伊纳克斯克等城市接连发生多宗炸弹爆炸案后，俄罗斯政府指责是车臣分离主义分子所为。1999年10月1日俄罗斯部队进入车臣。俄军的行动终结了车臣伊奇克里亚共和国当时实质上的独立，使联邦政府重新控制该地区。
在战争初期，俄军及车臣当地的亲俄民兵联手对抗车臣分离分子，经过冬季围城后，于2000年初夺取了车臣首府格罗兹尼。车臣分离分子在此后数年继续以游击战形式对抗俄军并残忍杀害战俘。另外车臣叛军也有发动针对平民的恐怖袭击，并焚毁作为俄罗斯族宗教场所的东正教教堂。然实际上俄军及叛军双方也都被指犯有不少侵犯人权的事件。
到2009年止，俄罗斯大致上已经重创了叛军的活动能力，大规模的战斗已停止。俄国陆军及内务部队不再驻守各条街道。在战争中损毁严重的格罗兹尼正在重建中。不过北高加索地区仍有零星的暴力事件;偶然有以俄联邦及地方政府部队为目标的炸弹爆炸及伏击发生。
2009年4月16日，俄罗斯政府官方宣布车臣的反恐行动正式结束。三个月后，流亡外地的车臣分离分子领导人艾哈迈德·扎卡耶夫要求从8月1日起对车臣警察实施停火，他表示希望“从这一天起车臣人不会再向同胞开抢”。
战争中的准确死亡数字不明，非官方估计有25000人至50000人死亡或失踪，大多数是车臣平民。俄罗斯方面逾5200人阵亡(根据俄国官方数字)。有民间团体估计俄军方面(至2005年)有约14000人阵亡。
战争背景
1999年8月7日沙米尔·巴萨耶夫指挥5000多名武装分子聚集于达吉斯坦和车臣边境，分两路攻入达吉斯坦，向俄军猛烈进攻，企图继在车臣赶走俄军以后再在达吉斯坦打败俄军，以实现车臣、达吉斯坦TUO离俄罗斯而建立独立的伊斯兰原教旨主义国家的目的。1999年10月份，俄罗斯联邦军队开入车臣，第二次车臣战争开始了。
面对巴萨耶夫的进攻，8月10日，刚刚成为总理的普京就与总统叶利钦及有关部门领导人讨论了车臣形势。普京表示：“车臣是一个被匪徒和宗教极端分子占领的地区，是从外部攻击和内部颠覆(俄罗斯)的前哨阵地”，对车臣匪帮“如果今天不动手,明天损失会更大”。“不管车臣匪徒藏在何处，俄军都将把他们消灭”。
普京请求叶利钦赋予他指挥行动和协调各强力部门的全权。在得到允许后普京便马上开始扭转强力部门的工作局面。他每天都召集这些部门的领导人到自己的办公室，一次次地要求他们把所有资源聚集成一股力量。他还召开了安全委员会扩大会议，在会上他表示，在高加索地区出现的践踏法律和恐怖主义行动是不能容忍的，必须采取措施整顿那里的秩序和纪律。
他说，俄罗斯领导人已向联邦和地方权力机关下达了任务，根除那里产生烧乱的祸根。普京向新闻界宣布，在达吉斯坦活动的武装分子中有车臣武装分子，俄政府已经为整顿达吉斯坦的秩序制定了一整套方案，并得到了叶利钦总统的批准，同时宣布成立恢复达吉斯坦正常秩序军事司令部。
