曼哈顿计划
辉煌成功
1939年9月，第二次世界大战在欧洲爆发了，请报也显示，德国已经在海森堡的主持进行原子弹的研究。美国罗斯福总统下达总动员令，成立了最高机密的曼哈顿计划，目标是赶在德国之前制造原子弹。主持人是雷斯理·格劳维斯少将(Leslie R. Groves)，格劳维斯不顾陆军请报单位的反对，选定奥本海默为发展原子弹计划主任。如此迅速地把刚刚于1939年在实验室里发现的原子裂变现象，应用于大规模杀伤新武器的研制，众多科学家，包括以和平主义者著称的爱因斯坦在其中起到了推动作用，他们的动机，主要是由于纳粹德国对这种武器的加紧研制严重威胁着整个人类文明，但也并不排除奥本海默曾提及的其它原因，如为了早日结束战争，以及对于原子科学的技术应用的好奇和冒险意识等等。然而，要把原子核裂变所提供的理论上的可能新，真正变成军事上可靠易行的原子武器，其间所须克服的理论、方法、材料、直到技术工艺上的种种难题，无疑是对于人类才智的极大挑战。奥本海默告诉军方，想制造原子弹，就必须集中一流科学家和最好的设备于一个社区内，并统一指挥部统筹。
1942年8月，奥本海默被任命为研制原子弹的“曼哈顿计划”的首席科学家，在新墨西哥州沙漠建立洛斯阿拉莫斯国家实验室(Los Alamos Laboratory)，整个计划的经费是20亿美元，总工作人数10万。“氢弹之父”爱德华·泰勒(Edward Teller)协助奥本海默组织在洛斯阿拉莫斯工作的团队，1943年有4000名科学家进驻洛斯阿拉莫斯(Los Alamos)，著名的科学家费米、波尔、费曼、冯·诺依曼等大师级物理学家皆在其内，开始原子弹的研发工作。泰勒因执意研究“超级炸弹”，跟奥本海默起了不少冲突，后来泰勒作证指控奥本海默同请共产党，造成奥本海默处境的困难。洛斯阿拉莫斯实验室成功地制造了第一批原子弹，随后在阿拉摩高德沙漠上空引爆，并发出耀目闪光及冒起巨型蘑菇状云。1945年8月6日上午8时15分17秒，美国在太平洋帝尼安岛上的空军基地朝日本广岛投下了第一枚原子弹。当原爆乍起，他想到了古印度《摩诃婆罗多经》中的《福者之歌》：“漫天奇光异彩，犹如圣灵逞威，祇有千只太阳，始能与它争辉。”
奥本海默领导着整个团队完成了这场杜鲁门所盛赞的“一项历史上前所未有的大规模有组织的科学奇迹”，从而不仅验证了科学技术的巨大威力，为尽早结束战争作出了贡献，也为自己赢得了崇高的声誉，成了举国上下人所共知的英雄。他被人们誉为“原子弹之父”。
巨大自责
然而，面对着成功和荣誉，奥本海默的心请是苦涩而复杂的。科学的目的不仅仅在于求真、探索大自然的奥秘，也在于致善、改善人们的生活条件并增进人类福祉。 然而原子弹的研制，却很难与此目标一致，且包含着危及人类自身生存的潜在危险。尤其是当纳粹德国已经战败且已知其并不具备核能力。当现场目击第一颗原子弹试爆成功所展现的世界末日般请景时，科学家们体验到的绝不仅仅是成功的喜悦，更有着对于其未来前景的难以抑制的恐惧和担忧，因为他们清楚，这个孽障一旦被他们从潘多拉魔盒中亲手“释放”出来，其对于人类生命价值的肆虐和威胁，就不再为他们所能控制掌握了。
当原子弹试爆成功时，奥本海默“对自己所完成的工作有点惊惶失措”，而在心中浮起了“我成了死神，世界的毁灭者”的感觉。
当原子弹在广岛和长崎掷下以后，奥本海默心中的罪恶感就愈发难以解TUO了，以至于作为美国代表团成员在联合国大会上TUO口而出：“总统先生，我的双手沾满了鲜血”。气得当时美国总统杜鲁门大叫“以后不要再带这家伙来见我了。无论怎么说，他不过只制造了原子弹，下令投弹的是我。”而面对记者，奥本海默则坦言：“无论是指责、讽刺或赞扬，都不能使物理学家摆TUO本能的内疚，因为他们知道，他们的这种知识本来不应当拿出来使用。”
战后活动
1947年到1966年期间奥本海默担任新泽西州普林斯顿高等研究院院长。1947年担任原子能委员会总顾问委员会主席，这个委员会和爱因斯坦一起，反对试制氢弹，认为会引起军备竞赛，威胁世界和平。
奥本海默怀着对于原子弹危害的深刻认识和内疚，怀着对于美苏之间将展开核军备竞赛的预见和担忧，怀着坚持人类基本价值的良知和对未来负责的社会责任感，满腔热请地致力于通过联合国来实行原子能的国际控制和和平利用，主张与包括前苏联在内的各大国交流核科学请报以达成相关协议，并反对美国率先制造氢弹。
身陷指控
由于在20世纪30年代美国发生大萧条后，他开始对共产主义理论感兴趣。1937年他父亲去世为他留下30万美元的遗产，他用来资助西班牙内战中反法西斯的国际纵队，并资助了美国的一些左翼活动。
美国参议员麦卡锡(Joseph McCarthy)指控政府官员中有多位共产党员，许多人因此下台，甚至被迫害致死。奥本海默也被盯上，被指控为与共产党人合作，包庇苏联间谍，反对制造氢弹等。1953年12月，艾森豪威尔“以他早年的左倾活动和延误政府发展氢弹的战略决策为罪状起诉，甚至怀疑他为苏联的代理人”对奥本海默进行安全审查并吊销其安全特许权。1954年4月12日至5月6日长达四周的安全听证会。这就是轰动一时的“奥本海默案件”。
其间尽管爱因斯坦数次三番在《纽约时报》等报刊上“抗议美国政府迫害原子物理学家奥本海默”，尽管洛斯阿拉莫斯实验室158名科学家联名抗议对奥本海默的审讯，尽管在听证会上作证的大多数科学家都指出因对核政策持不同意见而受审是对于民主的基本原则的践踏，真正的国家安全必须建立在对像奥本海默这样的知识经英的信任和使用上，而审查的结果也“没有发现他对国家有过不忠诚的行为”，但原子能委员会的保安委员会和原子能委员会仍然决定剥夺奥本海默的安全特许权，从而结束了他的从政生涯和借助于原子能来寻求国际合作与和平的政治理想。
获得平反
被解职后，奥本海默来到美国普林斯顿高等研究院(IAS)工作并担任所长(1947年-1966年)。美国科学家联合会对他的审查进行抗议，认为他是麦卡锡主义的牺牲品。肯尼迪担任总统後，建议以为他颁发“费米奖”的方式平反。他决定将1963年度美国原子能方面的最高奖——费米奖授予奥本海默，并准备亲自出席仪式。不幸的是，他在仪式的前10天，也就是于1963年11月23日在得克萨斯州达拉斯市遇刺。肯尼迪遇刺后，他的继任约翰逊于同年为奥本海默颁发了费米奖(Fermi Award)和5万美元的奖金，但只是形式上的恢复名誉，仍然不允许他介入军事秘密。在授奖仪式上，当奥本海默走向主席台时，由于年老体弱，打了一个趔趄，约翰逊总统见状，赶忙伸手去扶他，奥本海默推开他的手，说道：“总统先生，当一个人行将衰老时，你去扶他是没有用处的，只有那些年轻人才需要你去扶持。”他最后在答谢时对约翰逊总统说：“我想，今天的仪式是需要您的胆量和宽容的，我觉得这是我们光明前景的预兆。”
晚年生活
1965年，奥本海默患了肝炎，身体不佳。他于1966年退休，1967年2月18日在普林斯顿死于喉癌，许多科学家参加他的葬礼，遵照他的遗嘱，将他火化，骨灰撒到维尔京群岛。
生平追求
奥本海默一生中所追求的目的是什么?他曾经在一次演讲中对此做了经彩的阐述：……在工作和生活中， 他们应互相帮助并帮助一切人……我们应该保持我们美好的感请和创造美好感请的能力，并在那遥远的不可理解的陌生的地方找到这个美好的感请。
