索额图曾助康熙皇帝玄烨清除鳌拜集团，立下一大功，因此康熙前期，甚得玄烨的信任，充任保和殿大学士、太子太傅、议政大臣等要职。此外，索额图还是皇太子生母的叔父(太子外祖父噶布喇系索额图之兄)。因此，索额图得以在朝廷“专权用事，贿赂公行”，“朋比徇私，益加贪黩”。
索额图与朝廷另一权臣明珠争权夺利，“互植私党，贪侈倾朝右”。明珠出身叶赫纳喇氏贵族，武英殿大学士、太子太师，先后任刑部、兵部、吏部尚书，又是皇长子胤禔的舅父，权势显赫。索额图及其党羽、汉人儒臣李光地等，极力维护皇太子的利益。明珠及其党羽，大学土余国柱、户部尚书佛轮、刑部尚书徐乾学等是反皇太子的，极力想把皇长子胤禔推上台。于是，朝廷之中的大臣，三五成群互相交结，徇庇同党，图取货赂，营私作弊，把朝廷搞得乌烟瘴气。
康熙一方面要维护皇太子胤礽的正统地位，另一方面需要整顿一下朝臣互植私党的风气。于是，康熙二十七年(1688年)，康熙先从明珠一党开刀。在康熙的指使下，由佥都御史郭璐出面，奏参弹劾明珠及其党羽余国柱等“背公营私”、“要结群心，挟取货贿”，遂将明珠、余国柱革职。
明珠一党瓦解后，党争局面有所缓解。但索额图等仍以太子为中心集结势力。特别使康熙不能容忍的是，索额图竟然“怀私倡议”，“凡皇太子服御诸物，俱用黄SE，所定一切仪注，几与朕相似”。此外，所定一切仪制，都与皇帝相同。这无疑触犯了老皇帝的禁忌。但因索额图与其父索尼两代俱为朝廷辅臣，又助康熙诛鳌拜，又多次领兵与准噶尔部作战，均有殊勋，不便轻易处置。
康熙四十年(1701)，索额图因年老休致，由其弟心裕为领侍卫内大臣。翌年，康熙南下巡视河工，皇太子随驾病倒于德州。康熙命召索额图前来侍疾。是岁，其弟心裕因虐毙家人被夺官。根据索额图家人的告发，康熙令执索额图，拘禁于宗人府，并处死于幽所。
康熙指责索额图，“结党妄行，议论国事”，“皇太子在德州，尔乘马至中门始下”，“尔所行事，任举一端，无不当诛”。康熙甚至指称索额图“诚为本朝第一罪人”。至于具体罪行，康熙并未明说。但是，据康熙第一次废皇太子后宣谕罪状说：“索额图助胤礽潜谋大事，朕知其请，将索额图处死。”可见，索额图被拘禁处死的主要原因是助胤扔“潜谋大事”，即为使皇太子早登皇位，音谋发动宫廷政变。
