养廉银最大的缺点在于严重拖垮了清朝的国家财政，是清朝国家财政的很大负担。据史籍记载，清朝国家财政收入的百分之十，支出的八分之一都用在了养廉银，也就是高薪养廉上面。而且养廉银最受后人诟病的是它并没有养出清廉的官员。养廉银在雍正皇帝时期起到了一定的效果，从康熙皇帝末年以来的吏治败坏的局面略有缓和，但是经过乾隆皇帝时期浮华的影响，吏治更加败坏，贪污腐败成风，知识阶层和官吏的道德沦丧，贪官和珅广为人知，但是乾隆皇帝和之后的嘉庆皇帝时期的大贪官绝不只有和珅一个人。
进入道光皇帝时期后，吏治败坏已经到了不可收拾的地步。养廉银给了官员优渥的生活，但是他们不知足。而且，养廉银来自火耗归公。火耗归公本来是不得已才实行的方法，实在是巧立名目征敛太过强盛，雍正皇帝才将其收归国家。但是火耗归公把不合法的附加税合法化，等于是给官员贪污受贿开了头。
小编看来，养廉银的设置不是为了养出清廉的官员，康熙皇帝末年吏治败坏不仅仅是贪腐盛行，因为康熙皇帝本人在政治上不生事的守成倾向，导致官员普遍碌碌无为，对国家的危害比贪污腐败更严重。所以这个养廉不仅仅在于针对贪污腐败，还针对的是懒政。
