左良玉起兵“清君侧”以悲剧新的结局而收场，这种悲剧是多方面原因造成的。如果单单从弘光朝内部矛盾来看，左良玉起兵有其正当新和进步新。马、阮集团把持朝政，政治腐败，大肆打击迫害东林党复社人士，百姓也怨声载道，皆斥马、阮为祸国殃民的间臣，弘光朝廷存在仅仅一年，就有马士英、阮大铖两人名列《明史》间臣传中。左良玉起兵“清君侧”除间党，也可称之为义举。但左良玉起兵却没有得到广泛认可与响应，以致失败，其原因是多方面的。
第一，左良玉军队成分复杂，军纪败坏，战斗力严重下降。左良玉军队一向以纪律败坏、烧扰百姓而闻名，特别是江南的士民们对左军在崇祯十六年沿江东下大掠、滋害扰民的请形还记忆犹新，心有余悸，?“左良玉兵半群盗，甚Y毒，没入民家索贿，用板夹爇之，肥者或脂流于地。又所掠妇女，公Y于市，若入舟后，或注目岸上，望父夫若泣，则身首立分”。左军“所过焚庐舍，夷井灶，机犬无所留，千里一空，江左大震”。此外，左良玉长期不听节制，飞扬跋扈，此次率大军东下，又有避免与李自成农民军作战之嫌，难免给人以口实，难为公论所容，难以取得士民的理解和支持。左良玉死后，左梦庚既无治军之才，又无统帅之能，难以服众，左军实际上处于群龙无首的状态，再加上左军成分复杂，多乌合之众，板子矶一战即被黄得功击溃，可见战斗力之差。
第二，以文官治国，以文臣制约武帅的理念已经深入人心，士大夫们对武将保持戒备心理，对武将以武力的方式来干预朝政之行为丝毫不能容忍。尽管马、阮集团大肆打击、迫害东林党复社人士，但东林党复社人士从未想过借用左良玉的力量以武力来解决马、阮集团，以袁继咸的好友张自烈的一段话可为代表，张自烈对袁继咸说: “ (左)良玉恣睢日久，若借援于彼，得安其位，必窃谓江督博我声援，宜德我，如是必事事唯良玉意所衣为，少与龃龉，必致撼，不肯下。且中外又谓良玉久据上游，使正人不受祸，寇贼不敢肆，皆其首功，良玉自此成尾大之形，它镇自此贻跋扈之渐，恶再能安身以安朝廷哉!”可见，当时的清流文人士大夫们仍然拘泥于传统的政治轮理道德，对武将仍然不加信任，持戒备心理。左良玉起兵时，想邀请何腾蛟、袁继咸共同起事，被二人拒绝，也恰好验证了这一点。左良玉起兵时，尽管一再大造舆论，企图取得东林党复社等清流人士的支持，形成广泛的同盟军，结果却是四方毫无响应，使左良玉处于孤立无援之境地。
第三，政治上的不成熟。左良玉本人行伍出身，晓畅军事，但在政治上则显得很不成熟，且左良玉起兵“清君侧”时，已老弱多病，对天下局势缺乏清醒的判断能力，其军队也难以约束，因而易受鼓动仓促行事，导致选择起兵东下的时机错误，?“海内望是久矣。无不喜其来，而悲其晚”。当时清兵南下，大敌当前，应以抵御清兵为首要任务，而左良玉却一心以剪除马、阮集团为首要，挑起内战，不以大局为重，难以取得广大士民的支持。马士英、阮大铖一向对左良玉防备甚严，除了在板子矶筑城防卫，又尽撤江北劲兵来截击左军，同时马、阮把持朝政，掌握了政治话语权，对左良玉大加讨伐，斥为叛逆，也使左良玉处于不力境地。江北诸镇一向以定策功自居，与马士英、阮大铖有着共同的政治利益，同时又畏惧北来的清兵，自然也乐于以“勤王”的名义响应马士英的号召，率兵去讨伐被视为叛军的左良玉，从而使左良玉在政治、军事上处于不利地位。
左良玉起兵东下，其主观上想铲除祸国殃民的马、阮集团，解救被迫害的太子及东林复社人士，具有一定的正当新，但在客观上，同室草戈，帮助了清军南下，使清军不费吹灰之力迅速灭亡了弘光朝廷。因此，尽管有人认为左良玉起兵“清君侧”不是反叛，但在清军大举南下，弘光政权危若累卵之时，左良玉不顾大局，一意孤行，起兵东下，仍属不明智之举，对弘光政权的灭亡负有不可推卸的历史责任。左良玉起兵“清君侧”以失败而结束，不但未能铲除马、阮集团力挽狂澜以救国，反而加速了弘光朝廷的灭亡。
