清朝初期蒙古准噶尔部在新疆崛起。1688年，康熙二十七年，噶尔丹亲率3万骑兵自伊犁东进，越过杭爱山，进攻喀尔喀蒙古(外蒙)，占领整个喀尔喀地区。
喀尔喀三部首领率众数十万分路南逃，并向康熙帝求援。于是，清朝和准噶尔部在1690年正式开战。
虽然准噶尔部多次惨败，噶尔丹也兵败自杀身亡。但准噶尔部在沙俄的挑唆和支持下，多次卷土重来。清朝直到乾隆二十二年(1757年)才彻底灭掉准噶尔部，统治了整个新疆。前后共历时70年。
而一百多年后，左宗棠打败英俄支持的阿古柏政权收复新疆，仅用了一年半时间。
为什么都是出兵西域，所用的时间相差这么多?
1.准噶尔比阿古柏更强大。
准噶尔部是漠西蒙古卫拉特部的一支，强大后吞并了和硕部、土尔扈特部(残部西逃)。准噶尔部在西域根深帝固，势力庞大，鼎盛时期疆域达700万平方公里。
而阿古柏只不过是浩罕国的一名贫苦底层人，机缘巧合之下，受到浩罕国可汗的赏识，并靠战功成为一方诸侯。
1865年，阿古柏奉命带50名骑兵护送某人到喀什。当时正值中国西部闹回乱，阿古柏看到了机会，于是发动兵变自立，依靠其优秀的军事能力，外加宗教因素和英俄的支持，很快占领了新疆大部分地区。
阿古柏属于暴发户，与根植西域百余年的漠西蒙古根本不能比。
2.西域的人心向背。
准噶尔部在开战前从来没有臣服过清朝。虽然西域是汉唐故地，但自从蒙古西征，那里就是蒙古人的天下。清朝打准噶尔是外战，准噶尔部占有地利的优势，也更能得到西域当地人的支持。
此战也清朝是首次占领西域，困难很大。
左宗棠收复新疆是平定西部叛乱，这里已经是清朝经营一百多年的地方，朝廷在当地还有一定的威望。当时新疆被阿古柏占领不过才几年时间，并且阿古柏的统治比清朝要残暴的多，新疆当地人是欢迎清朝军队的。
3.武器装备差距大。
两次征西虽然只隔了一百多年，但却是不同的时代，双方的武器装备也有很大不同。
康熙祖孙三代打准噶尔时，清朝与准噶尔的装备差不多，清朝的大炮更多，但双方的武器没有代差。后勤上清朝路途遥远不占优势。
清朝之所以能够战胜准噶尔，很大程度依靠的是人口众多，国力雄厚。
而左宗棠在1876年收复新疆时，清军刚刚平定太平天国和陕甘回乱，西征军已经全部装备了最新的西式装备。尤其是胡雪岩刚从美国买来的后膛七响洋抢(斯宾塞步骑抢)，新型后膛炮和加特林机抢。
加特林1862年发明，1874年进入中国
虽然英国和俄国也支援了阿古柏政权一些抢支，但远不如清军武器先进。左宗棠买这些装备实际是把打沙俄也考虑在内，打阿古柏自然不在话下，一年半肃清新疆除伊犁外的所有地区，兵临伊犁城下。最终在左宗棠的武力威慑下，清朝通过谈判收回了伊犁。
