战争罪行
日本发动全面侵华战争后，畑俊六于1938年2月派往中国任侵华日军华中方面军司令，率部发起武汉作战。8月上旬，指挥30万日军沿长江南北两个方向由东向西进攻。10月26日，中国军队向西、向南撤退，熘俊六率日军占领了“九省通衢”武汉。在会战中，畑俊六所率日军公然违反国际法，使用毒气375次，发色毒气弹4万颗以上。在熘俊六的纵容和唆使下，凶残的日军占领武汉后，到处杀人放火，间Y掳掠，无恶不作，广大人民群众对日军的暴行无不恨之入骨。
1939年8月至1941年2月，畑俊六调回国内连任阿部和米内两届内阁的陆军大臣。在此期间，他参与了内阁对各项侵略计划的设计和决策;以新的气势继续进行侵华战争;在南京炮制了汪经卫傀儡政权;实簏了控制法属印度支那的计划;并就有关荷属东印度问题与荷兰进行了谈判。他还支持日本的“南进”政策，赞成日本侵占东南亚及南方各地区。为实现南进的目标，他同意在国内以大政翼赞会取代政党，进一步实现法西斯化;在国外促进日德意三国军事同盟条约的签订。
1941年3月至1944年11月，畑俊六被日军大本营任命为日本中国派遣军总司令，继续对中国进行侵略战争。对中国解放区，他实行烧光、杀光、抢光的“三光政策”和毁灭新“扫荡”，肆意屠杀无辜平民，许多村庄被洗劫一空。在国民党正面战场，则是攻略与施暴并行，每攻占一个地方，就制造一桩惨案。1943年5月，日本中国派遣军在攻陷湖南汉寿等地后所制造的“厂窖惨案”，就是一个恶劣的例子。在这次惨案中，3000日军以4天时间共抢杀手无寸铁的男女同胞达3万多人，伤残3000多人，强间妇女2000多人，满门杀绝的2000户以上。美丽的厂窖顿时血流成河，尸骨如山，遍地焦土，一片荒凉。作为侵华日军最高司令官，对其下属部队的种种暴行是负有直接罪责的。1944年春，为挽救日军在太平洋的失败，畑俊六根据大本营的命令，集中51万兵力发动打通大陆交通作战。在历时8个月的作战中，基本打通了平汉、粤汉和湘桂等铁路线，侵占了豫、湘、桂、粤等省大部和贵州一部，使中国又有20多万平方千米土地和6000万人口沦于日寇铁蹄之下，给中国抗战造成巨大危害，也给亿万中国人民带来了新的灾难。由于这一次的所谓“卓越战功”，畑俊六于1944年6月被授予元帅称号，获得了天皇颁发的一级“金鹨”勋章。1944年11月，日军大本营下令畑俊六转任陆军教育总监，继续支持对中国和西方进行侵略战争。1945年4月，调任驻本土日军第二总军司令，准备进行本土决战。
畑俊六作为日本法西斯军队重要头目之一，长时间担任侵华日军高级职务，积极奉行侵华政策和进行侵华战争，在中国犯下了种种罪行，给中国人民带来了深重灾难。日本投降后，根据中国政府的指控和强烈要求，驻日盟军总部于1945年9月13日下令将熘俊六作为甲级战犯逮捕收监.把他送到了被告席上。1948年11月12日，远东国际军事法庭经过公开审理后作出最后判决，宣布对战犯烟俊六处以无期徒刑。
东京审判
“东京审判”的正式名称是“远东国际军事审判”。1946年1月19日，经盟国授权，远东国际军事法庭在东京设立，同时公布《远东国际军事法庭宪章》，指出法庭有权审判犯有反和平罪、普通战争罪和反人道罪的日本甲级战犯。经过同盟国的多边磋商，一致同意组成由美国、中国、英国、苏联、法国、澳大利亚、加拿大、新西兰、荷兰、印度、菲律宾等11个国家参加的远东国际军事法庭。
法官和检察官由这11国各派一位，庭长是澳大利亚人卫勃爵士，检察长为美国律师季南。审判对象是28名罪大恶极的日本甲级战犯，他们是：东条英机、土肥原贤二、松井石根、坂垣征四郎、广田弘毅、武藤章、木村兵太郎、荒木贞夫、平沼骐一郎、重光葵、木户幸一、大岛浩、东乡茂德、桥本欣五郎、岛田繁太郎、贺屋兴宣、南次郎、梅津美治郎、畑俊六、小矶国昭、星野直树、铃木贞一、佐滕贤了、冈敬纯、白鸟敏夫、松冈洋右、永野修身、大川周明。
在世界历史上，组成国际法庭审判战犯，这是规模最大、审判时间最长的一次。审判从1946年5月3日开始，至1948年11月12日结束，历时两年半。在审判期间，共开庭818次，先后有11名法官、88名检察官和90余名辩护律师出席审判，审判记录竟达48412页;又有419人出庭作证，779人书面作证，受理证据4336件，判决书长达1212页。加上翻译人员、采访法庭消息的记者和卫兵，法庭全部人员已超过1000人。
1946年5月3日，远东国际军事法庭开始对畑俊六等28名日本甲级战犯进行公开审理。陆军元帅杉山元在作为战犯被捕之前已畏罪自杀，另一个陆军元帅寺内寿一客死南洋，因而畑俊六成为法庭被告席上唯一的一名日本陆军元帅。由于米内光政为他辩护，他逃TUO了缔结三国同盟的指责。畑俊六被指控犯有《起诉书》中列举的第1项(图谋侵略东亚及太平洋地区)、第27项(对中国实行侵略战争)、第29项(对美国实行侵略战争)、第31项(对英国实行侵略战争)、第32项(对荷兰实行侵略战争)以及第55项(违反人道)等罪行。“违反人道”的罪行，主要包括被告畑俊六纵容、唆使部下在武汉杀戮平民和俘虏，间Y妇女，抢劫和破坏财物等犯罪事实。1948年11月12日，远东国际军事法庭以5:6的判决票数(5票是赞成死刑，6票是赞成无期徒刑)正式宣布对畑俊六判处无期徒刑时，他感机地朝着法官席鞠了一躬。
