杨深秀，山西闻喜县仪张村人。生于1849年4月24日(清道光二十九年四月初二日)。12岁成秀才，21岁中举，榜列第三名经魁。1871年22岁，入京参加辛未(同治十年)科会试，未中。在京拜师求教，钻研汉学，力主今文经，尤喜《公羊传》。
1877——1878年(光绪三至四年)，北方冀、豫、秦、晋数省，出现了亢旱，尤以山西为最。山西巡抚曾国荃在奏文中云：“赤地千有余里，饥民至五、六百万之众，大侵奇灾，古所未见。”
山西发生如此严重的灾荒，居于京城的山西京官和士予，纷纷捐献银两，赈济家乡父老乡亲。也有许多人请假返回晋省，或探视家人，或加入赈灾的行列，以尽自已的一份责任。1878年春，杨深秀毅然抛弃科举考试，请假回乡，团结官绅，兴利除弊，组织赈灾，此外还续修了《闻喜县志》。
当时闻喜县令是陕西凤翔的陈作哲。他热烈欢迎杨深秀返乡。杨深秀以举人的身份，满腹的学问，高尚的人品和刑部员外郎的官职，受到官绅和乡民的特别尊重，成为在他们之中具有影响和号召力的领袖人物。
闻喜县此次大棱中之赈灾，历时两年，据光绪版的《闻喜县志》载：灾民达至41500余人。官绅前后捐银，共21900两。散放银米23次。在官绅两方的努力下，赈灾工作进行得比较顺利，共救存15810户，138730人。
灾后，杨深秀、潘梦凤、李润之等在籍绅士，又共议减少乡民的驿费负担。
县令陈作哲全力支持他们的这一建议。根据全省善后总局刊发的宫保曾公均减差徭章程，裁去一切浮差，计每粮银一两，只出钱200文即可。又议新规30余条。蒙省府州各宪批准，1880年8月6日(光绪六年七月初一)起，由公举正直明事绅耆照新章办理。是年夏收，“麦大熟，亩率一石。秋苗亦芄芄可爱。民间所生小儿，较往岁且多数倍。至是荒政而蒇事矣”。
1879年(光绪五年)晋抚曾国荃饬令重修《山西通志》，责令各县先修县志。县令陈作哲委托杨深秀主笔。半年之后，新县志终于修成。杨深秀此次续修《闻喜县志》，新创了《志》、《志补》、《志续》三种体例，共12卷。又于地形图作一大改革，“废黜八景，分列四图，限以棋局文，参以罗经向”，每格纵横为10里，较为准确。
《志斟》是一种新体例，以旧志“沿革”为例，于原文加以按语，注入新文，增添了新内容。以戴震《汾州志》作参考。又列表，以朝代封国、建置割并，隶属山水杂地名，各栏简言填之，“纲目发之，纵横表之”，十分醒目。
《志补》，为旧志所无，纯为新增。如《金石考》，在本县范围，分设朝代时期，胪列文物，言明出处，证之以史，考之以文，亦前代所无，也是一种新创体例。此乃以河南武授堂氏《偃师》、《安阳》二志作参考。又如《星度考》亦旧志所无，以科学算法及实测代星野，又表列节气时刻，皆十分新颖、准确。
《志续》则补充遗漏或续写前志所无之人物传记等。新增人物之传记，亦简而明。
“作志有三难：一日体例衣经则难;二日考据衣核则难，三日文章衣洁则难。”杨深秀于半年中克服了此三难，续成县志，“其考据经确，文章雅练不具论，至其体例皆取诸前辈大师”。书成，呈于省宪，获得好评，是诸县志中之佼佼者。
1882年(光绪八年)张之洞来山西主政。下车伊始，即大刀阔斧地革弊兴利。杨深秀借此契机，联合地方绅士，向县令朱光绶建议，为振兴大侵之后闻喜县孱弱的文风，应永远免除一项许多年来压在新进生员身上的“公堂礼”摊派。所谓“公堂礼”，就是新进生员每逢岁、科两试的考棚费和送礼费。这确属一项弊政。这一建议，得到县令朱光绶的全力支持。经上司及钦宪批准，同意免去“公堂礼”弊政。河东道台江人镜指示将杨深秀等人的呈禀及各宪之面谕，誊写碑音、勒之于石。身上的公堂礼重负得以永远免除，士子们无不拍手称快。大侵之后，孱弱的文风得以迅速恢复、振兴。勒石立碑之时，杨深秀应官绅所请，又专写了一篇《以里书银抵新进生公堂礼记》的短文，刻于正面。该文开始，先用一句话点出主旨：“古之为政者，为民兴利而已。”一语道出古今人民的心声，做官为政的标准。该碑立于文庙牌楼前右侧。是现存仅有的一件与杨深秀生前有关的石制文物。
曾国荃倡议重修《山西通志》，得到钦差阎敬铭的支持，特聘王轩主持山西通志局，后又加聘杨笃、杨深秀、张铁生等。
杨深秀于1880年应聘赴省城。当时，福建闽县人王仁堪任山西学政。王仁堪特聘杨深秀为太原府崇修书院山长。崇修书院原址即今省第一博物馆西小院，筹建于1865年(同治四年)，1867年正式开学。生童来自晋中各县县学优等生。
此外，杨深秀还担任过省城令德堂书院的协讲。
令德堂书院创建于1883年(光绪九年)。于通省择诸生之高才者人内深造。令德堂与晋阳书院同为全省士子之最高学府，其原址为太原府署后之宝贤堂(今山西省实验中学)，经张之洞奏准筹建，正式开办于1884年5月(光绪十年四月)。晋阳书院山长王轩，被特聘为令德堂书院之总校主讲(山长)，杨深秀、杨笃、张铁生等均被聘为分校兼协讲。杨深秀于两书院中“讲《尚书》，主今文家言，极高谈雄辩之概，诸生课余请业，竟委穷源循循无倦”。
19世纪80年代的山西已开始改变闭塞的风气。张之洞于创立令德堂书院的同时，还下令购入南省出版的各种书籍。英人李提摩太以传教、赈灾为名，进入山西，张之洞聘他为顾问，设洋务局，展开建设。虽由于各种原因收效甚微，但总算开了风气，所有这些都为书院教学联系实际创造了一定条件。杨深秀于讲经中，以春秋公羊学启迪学生，“勿M溺于时文”。时文即八股文。勿M溺于此者，即要从八股文中走出来，学习改制立法。有这些都使学生受到一定影响。太原之刘友风，榆次之刘奋熙皆其高材生。刘奋熙以进士人仕后，两袖清风，常以圣贤自学自励，且引天下事为己任。刘友风“虽习举子业，而究非专以举子业为心”，后编纂成《晋祠志》。二人皆有其师之遗风。
在光绪《山西通志》的修纂中，杨深秀也付出了辛劳，有重大贡献。
修志的整个工作是在山西通志局的具体领导下进行的。总纂为王轩，分纂为杨笃、杨深秀、张铁生等。王轩日与杨笃、杨深秀诸人讨论通志之体例，定为六门。即：图、谱、考略、记、录等。6门又各详分为36类。此次修志在山西历史上是空前的。杨深秀担任《星度谱》2卷与《古迹考》8卷之分纂任务。
杨深秀所分纂的《星度谱》利用了当时天文、历法和地理方面的最新科学成就，他本人也有一定的创见。这既反映了他具有的较高科学水平，也体现了他的求实经神。
《古迹考》载于《通志》卷之五十。其主要内容是从上古之唐虞夏商周秦，以迄两汉魏晋宋元明清，在山西所建国都及城邑之考证。旁及宫室、祠字，陵墓及寺观等。《古迹考》又为《沿革谱》之姊妹篇。读过王轩所纂之《沿革谱》，山西之古今沿革，了然成竹在胸，深服其简明扼要。再读过杨深秀《古迹考》，山西各处古迹名区，更加粲然入目，有如更上一层楼而览无数之胜景。
1886年(光绪十二年)冬，杨深秀离并返京，到刑部销假。1889年春，参加了会试，被取中贡士。接着参加殿试，被置于三甲。1895年中日甲午战争中国战败，杨深秀深为“甲午之耻”而愤恨而深思，“无由申”之。
1897年山东发生了德国强占胶东半岛的严重事件，杨深秀被实授为山西道监察御史。他第一疏就极言改革。疏云：
时势危迫不革旧无以图新，不变法无以图强。
1898年(光绪二十四年)春，他和康有为加强了联系，参加领导了保国会和戊戌维新变法运动。变法前夕，他首先上折，请定国是，明赏罚，指出：夫古今为政，未有东西未定，游移两可者。臣愚谓皇上，仍主守旧则已。若审观时变，必当变法。非明降谕旨，著定国是，宣布维新之意，痛斥守旧之弊，无以定趋向，而革旧俗也。光绪帝根据此折，终于定下决心，向全国臣民下诏宣布变法。此后，杨深秀每在变法的关键时刻，或单独上折，或联合他人上折，提出指导新的政策建议、方法或步骤等。这些建议多为皇帝采纳，转成上谕颁行。在百余天中，杨深秀共上奏折计有17件之多。 1898年9月21日(八月初六日)慈禧太后发动政变，光绪帝被囚禁，康梁逃亡，变法遭到失败。杨深秀不顾个人安危，打算前往南苑，说服董福祥军反正，“动以忠义，俾救主上，反正，则新政大行”。可惜抓捕他的人已到，他从容就捕。在狱中，他高风亮节，机昂慷慨，于壁上留诗三首，以大义机励来者。其一云：
久拼生死一MAO轻，臣罪偏由积毁成。
自晓龙逢非俊物，何尝虎会敢徒行。
圣人岂有胸中气，下士空思身后名。
缧绁到头真不怨，未知谁复请长缨。杨深秀9月24日(六月初九日)被捕，三天以后，即被押到宣武门外菜市口(西鹤年堂要店附近)杀害，时年49岁。他与一同被杀的另外五人被合称为“戊戌六君子”。杨深秀自担任御史以来，始终以“澄清天下为己任”。在历史关头，为民族大义而献身。他深信：历史的前进步伐决不会为清廷反动势力所阻挡。他坚信：后继者一定会接踵而来。中华民族崇高的爱国主义牺牲经神，又一次在他身上得到了充分的体现。
