《名侦探柯南》讲述的是高中学生神探工藤新一和两小无猜的朋友毛利兰一起去游乐场玩的情况下，亲眼目睹了黑色衣服男人的异常买卖当场。只图偷窥买卖的工藤新一，却忽视了从后面靠近的其他同犯。他被那名男人强灌了毒物，当他一觉醒来，身子竟然变小了。
假如让这些人晓得工藤新一还活着的情况下，不但小命难保，还会继续威胁身边的人。在阿笠博士的提醒下他决定了欺瞒个人身份，在被小兰谈及姓名时，假名字江户川柯南，为了能收集这些人的情报信息，寄居在爸爸以神探为业的小兰家里。未解之谜重重地黑暗组织。他所晓得的，就仅有这些人是以酒的名称当作编号的。为了能揭秘这些人的庐山真面目，小小的神探江户川柯南逐渐大展身手。
