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小孩做肠镜检查可能会存在一定的危险。小儿肠镜检查的危害主要考虑在检查前可能对麻醉剂有一定的过敏反应，或引起全身痉挛的一些症状和一些并发症。在整个肠镜草作过程中，可能会损伤肠黏膜和肠道，导致出血、肠穿孔等问题。如果进行无痛检查，麻醉中会有一些意外风险，如过敏、窒息和呼吸衰竭。因此，在整个检查过程中需要谨慎对待，需要专业医生草作。
不过接受肠镜的检查后出现的并发症概率是较低的，单纯进行结肠镜检查并发症发生率为0.32%，在结肠镜下做一些治疗时并发症发生率明显升高，为2.3%。
