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一般建议孩子在晚上睡觉前半小时，或者是早上吃早餐前半小时吃肠虫清比较好的。因为肠虫清空腹吃效果比较好，而晚上睡觉前肠道里的晚餐被消化掉大半。早上早餐前肚子里也是空空如也，这两个小时是最适合吃肠虫清。比较推荐的是晚上睡觉前吃肠虫清，这样经过一晚上的休息，蛔虫的尸体可以和第二天的宿便一起被排出体外。
有些寄生虫比较严重，肠虫清建议分两次服，第一次服用的时间应该隔一个星期左右，这样能达到很好的驱虫效果，而且在服用肠虫清的时候，饮食上也是没有禁忌的。肠虫清最好空腹服用，因为肠虫清的毒心比较小，空腹服用可以提高肠虫清在肠道内的浓度，可以提高杀虫的效果。
