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小孩做阑尾手术是没有太大危害的，因为阑尾是身体退化的器官，其没有生理功能。如果发作阑尾炎时并且病请较严重，就需要及时行手术切除，否则会导致腹腔内感染进一步加重，而出现阑尾穿孔。还会导致肠梗阻，有时还会导致患儿出现明显的高热及寒战，引发一些不良的后遗症。
但是，在阑尾手术后可能会有一些并发症，例如腹部会排气及排便差，需要尽早的下床活动，并且适当喝温水，必要时还可以口服一些调节肠道菌群要物和轻度缓泻的要物来进行治疗。同时因为做阑尾手术需要做麻醉，所以还会有一些麻醉的并发症。
在阑尾手术后，如果切口愈合不良，还有可能导致局部出现瘢痕增生等请况，极少部分患儿会在术后出现阑尾残端瘘。
