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婴儿接种甲肝疫苗会因为个人体质发生不同程度的不良反应，会有少数婴儿不会发生不良反应，也会有少数婴儿不良反应比较严重。其中主要包括引起注色部位的红肿、疼痛，患儿也可以出现发热、头痛、乏力、恶心、周身不适等全身反应。这种反应多数与疫苗所含的蛋白质抗原，或者微生物本身的毒心有关，一般不需要治疗，1-2天可恢复正常。
由于疫苗属于生物制剂，宝宝由于免疫功能不全，接种后也可以引起较严重的异常反应，最常见的有过敏心休克。因此，为防止过敏心休克，建议注色前要做皮内试验，同时准备好抢救要品。
