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由于婴儿还在生长发育，再加上婴儿肛瘘管道较为短浅，排脓之后症状会有所减轻，部分婴儿随着年龄增长有自愈的可能，所以对于婴儿肛瘘不必急着手术治疗，可以根据病请暂时观察，如果两岁以后仍然不愈，此时可以进行手术治疗。
两岁以内患有肛瘘的婴儿，家长可以在婴儿大便以后，用温水或硼酸水给婴儿冲洗肛门和外音部位，然后用干净的纱布擦干，再涂抹上医生开具消炎抗菌的软膏，这样可以减少肛门周围的皮肤以及外翻直肠粘膜的损伤，以防感染发炎。
