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第一、类别不同，免费疫苗属于国家第一类计划内的疫苗，而自费疫苗属于国家第二类疫苗，属于计划外的疫苗。
第二、预防疾病危害心的风险不同，一般免费疫苗预防的传染病对身体危害更大，接种的必要心更高，而自费疫苗对身体的危害小一点，但是依然可能会有伤害，接种后可以预防或者减弱发病的严重程度。
第三、疫苗的种类和预防的疾病有所不同，免费疫苗通常有乙肝疫苗、卡介苗、脊髓灰质炎疫苗，以及百白破疫苗、麻腮风疫苗、甲肝疫苗、流脑疫苗、乙脑疫苗等，而自费的疫苗通常有流感疫苗、水痘疫苗、口服轮状病毒疫苗，以及肺炎疫苗、狂犬病疫苗等。
