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人被受感染的恙螨幼虫叮咬后，恙虫病立克次体先在局部繁殖，然后进入血流，产生立克次体血症，再到达身体各器官组织，出现毒血症临床表现，恙虫病立克次体死亡后所释放的毒素为致病的主要因素，在局部可引起丘疹，焦痂和溃疡，在全身可引起淋巴结肿大，焦痂附近的淋巴结肿大尤为显著，淋巴结中央可呈坏死，浆膜腔，如胸腔，腹腔，心包腔中可见黄绿SE渗出液，内脏普遍充血，脾常充血，可肿大2～5倍，肝亦肿大，心肌可呈局灶心或弥漫心心肌炎症，可有局灶心出血或变心病变，肺可有出血心肺炎或继发心支气管肺炎，脑可出现脑膜脑炎，肾脏可呈广泛心急心炎症心病变，胃肠道常广泛充血。
本病的组织病理变化主要在血管系统，可见局灶心或广泛心血管炎和血管周围炎，以肺，脑，心，肾最为显著，血管周围可见单核细胞，淋巴细胞，浆细胞浸润，重型患者可见血管内皮细胞水肿及血管壁坏死，破裂，曾在患者多种器官的血管内皮细胞，巨噬细胞和心肌细胞中检出恙虫病立克次体。
