荷兰侵略军听说郑成功要进攻台湾，十分惊恐。他们把军队集中在台湾(今台湾东平地区)、赤嵌(今台南)两座城堡，还在港口沉破船阻止郑成功船队登岸。郑军乘海水涨潮将船队驶进鹿耳门内海，主力从禾寮港登陆，从侧背进攻赤嵌城，并切断了与台湾城的联系。
巧渡鹿耳门
荷军的据点台湾城、赤嵌城位于台南市。这里海岸曲折，两城之间有一个内港，叫做台江。台江西南面有七座山屿相连，叫做七鲲(鱼+身)。每座山屿相距1里多，彼此“毗连环护”。一鲲(鱼+身)北面隔海有北线尾小岛，其间海面叫大员港(又称安平港)。北线尾北侧为鹿耳门港。荷兰人修筑的城堡台湾城在台江西侧的一鲲(鱼+身)，赤嵌城在台江的东侧，互为犄角。
从外海进入台江有两条航路：一条是大员港，叫南航道，在北线尾与一鲲(鱼+身)之间;一条是北航道，在北线尾与鹿耳门屿之间，即“鹿耳门航道”。南航道口宽水深，船容易驶入，但港口有敌舰防守，陆上有重炮瞰制，必须经过战斗才能通过。北航道水浅道窄，只能通过小舟，大船必须在涨潮时才能通过。
1627年荷军曾在北线尾岛北端建有热堡，1656年在一次台风中倒塌后便不再派军防守。荷军认为，凭此“天险”，只要用舰船封锁南航道海口，与台湾城、赤嵌城的炮台相配合，就可阻止郑军登陆。
郑成功之所以选择在鹿耳门港突入，一是掌握了该地的潮汛规律，即每月初一、十六两日大潮时，水位要比平时高五六尺，大小船只均可驶入。郑成功从澎湖冒风浪而进，正是为了在初一大潮时渡鹿耳门，二是郑成功早已探测了从鹿耳门到赤嵌城的港路。所以，郑成功实施登陆作战的路线、地点的确都是正确的。
四月初一中午，鹿耳门海潮果然大涨，郑成功命令众将士按图迂回而进。郑军大小战舰顺利通过鹿耳门后，立即兵分两路：一路登上北线尾，一路驶入台江，准备在禾寮港(今台南市禾寮港街)登陆。
台湾城上的荷军原以为中国船队必从南航道驶入，忙于用大炮拦截，未料到郑成功却躲开了火力，船队从鹿耳门驶入台江，在大炮色程之外。荷兰侵略者面对浩浩荡荡的郑军船队，“骇为兵自天降”，顿时束手无策。郑军船队沿着预先测度好的港路鱼贯而人，切断了台湾城与赤嵌城荷军的联系，迅速于禾寮港登陆，并立即在台江沿岸建立起滩头阵地，准备从侧背进攻赤嵌城。在北线尾登陆的一支郑军，驻扎于鹿耳门，以牵制荷兰侵略军兵船，兼防北线尾。
台湾的汉族和高山族人民见祖国的大军到达，争先恐后地“出来迎接他们，用货车和其他工具帮助他们登陆”。
根据荷兰方面记载，郑成功的登陆行动得到中国居民中2.5万名壮士的帮助。南北路土社高山族群众闻讯接踵而至，表现了台湾人民热烈欢迎祖国军队收复台湾的爱国热请。正是由于台湾人民的大力支援，郑军不但顺利登陆，而且为分隔包围盘踞台湾的荷军创造了条件。
